10
จากการเชื่อมโยงเชิงหน้าที่สู่อินไซม์ตัวแรก
HYC-1979 Lesson 8: Acid, Amino, Acids
00:00

ขั้นตอนปิดท้ายของบทเรียนนี้ตั้งคำถามที่คมชัดโดยเจตนา: อะไรต้องมีอยู่แล้วเพื่อให้การสังเคราะห์เปปไทด์และการเก็บข้อมูลถูกเชื่อมโยงเข้าด้วยกันได้เลย? เมื่ออ่านอย่างละเอียด เนื้อหาต้นฉบับไม่ได้ตอบว่า "เครื่องมือแปลรหัสแบบง่าย" คำตอบคือระบบแรกสุดเป็น ระบบเร่งปฏิกิริยาที่ถ่ายทอดทางพันธุกรรมได้น้อยที่สุดโดยที่สาย RNA ทำหน้าที่เป็นทั้งเมสเซนเจอร์และอะแดปเตอร์พร้อมกัน และตัวเร่งปฏิกิริยาที่จำเป็นอย่างแท้จริงตัวแรกคือ รีพลิเคส — ไม่ใช่อะมิโนแอซิล-tRNA ซินทีเทส.

ลำดับเวลาเซลล์น้อยที่สุด: จากการเชื่อมโยงสู่อินไซม์ตัวแรก สาย RNA อเนกประสงค์ เปปไทด์บีตา-ชีตอย่างง่าย และรีพลิเคสที่ทำให้ระบบถ่ายทอดทางพันธุกรรมได้ ระบบน้อยที่สุดในยุคแรก — การเชื่อมโยงโดยไม่ต้องมีเครื่องมือสมบูรณ์ การปรับปรุงความแม่นยำในภายหลัง 1 การจำลอง RNA คัดลอกแม่แบบ 2 RNA อเนกประสงค์ อะแดปเตอร์และเมสเซนเจอร์ 3 บีตา-ชีตอย่างง่าย สารตั้งต้นเปปไทด์ 4 รีพลิเคสตัวแรก ตัวเร่งปฏิกิริยาจำเป็น 5 + ซินทีเทสในภายหลัง และ tRNA แยกส่วน 6 เครื่องมือ แปลรหัส ที่สมบูรณ์ ไม่จำเป็นต้องมีซินทีเทสในตอนเริ่มต้น ความสัมพันธ์โดยตรงระหว่าง RNA กับอะมิโนแอซิด และการถ่ายโอนเปปไทด์ โดยไม่ต้องมีไรโบโซมสามารถเติมประจุให้อะแดปเตอร์ได้ รีพลิเคส: อินไซม์จำเป็นตัวแรก หากไม่มีการจำลอง วัฏจักรเร่งปฏิกิริยาที่เชื่อมโยงกัน ก็ไม่สามารถถ่ายทอดหรือถูกคัดเลือกได้ ลำดับเชิงสาเหตุ การเชื่อมโยงเชิงหน้าที่ การจำลอง การเร่งปฏิกิริยาที่เชื่อมโยงกัน ภายใต้การคัดเลือก อินไซม์ตัวแรก ขีดจำกัดความผิดพลาด: เครื่องมือขนาดใหญ่ไม่สามารถอยู่รอดได้ที่อัตราความผิดพลาดในการคัดลอกของยุคแรก แต่ quasi-species ของ RNA สั้น ๆ สามารถอยู่รอดได้ การทดสอบการลบ: หากระบบยังสามารถถูกคัดลอกและคัดเลือกได้โดยไม่มีองค์ประกอบใด องค์ประกอบนั้นก็เป็นเพียงการปรับปรุง

การเชื่อมโยงเชิงหน้าที่ก่อนเครื่องมือที่สมบูรณ์

การเชื่อมโยงเชิงหน้าที่หมายความว่าอะแดปเตอร์ที่พาอะมิโนแอซิดและเมสเซนเจอร์ที่พาแม่แบบถูกจดจำโดยเครื่องจักรดึกดำบรรพ์เดียวกัน หากสาย RNA หนึ่งเดียวสามารถพับเป็นโครงสร้างคล้ายอะแดปเตอร์และทำหน้าที่เป็นแม่แบบได้ด้วย จำนวนองค์ประกอบอิสระที่จำเป็นสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์คล้ายการแปลรหัสก็ลดลงอย่างมาก ในรูปแบบเช่นนี้ การเกิดพันธะเปปไทด์จึงเป็นไปได้ ก่อน ที่จะมีไรโบโซม ก่อนที่จะมี tRNA ครบชุด และก่อนที่ซินทีเทสใด ๆ จะมีอยู่

  • สายอเนกประสงค์ RNA หนึ่งเดียวสามารถรวมบทบาทเมสเซนเจอร์ (แม่แบบ) และบทบาทอะแดปเตอร์เข้าด้วยกัน ซึ่งเป็นสิ่งที่ระบบแปลรหัสยุคแรกน้อยที่สุดต้องการพอดี
  • การเติมประจุโดยตรง ความสัมพันธ์ระหว่าง RNA กับอะมิโนแอซิดและการถ่ายโอนเปปไทด์โดยไม่ต้องมีไรโบโซมสามารถให้ขั้นตอนการกระตุ้นเริ่มต้นที่ซินทีเทสทำในเซลล์สมัยใหม่
  • ความยืดหยุ่นของโครงสร้าง ความยืดหยุ่นที่เผยให้เห็นจากการจัดเรียงลำดับ tRNA คือสิ่งที่ทำให้สายหนึ่งสามารถทำหน้าที่สองบทบาทพร้อมกันได้พอดี
  • ตัวเร่งปฏิกิริยาอย่างง่าย เปปไทด์ที่มีฤทธิ์เชิงหน้าที่ตัวแรกน่าจะเป็นเปปไทด์บีตา-ชีตสั้น ๆ หรือเปปไทด์เร่งปฏิกิริยาขนาดเล็ก ไม่ใช่อินไซม์ทรงกลมที่พับตัวแบบสมัยใหม่ที่มีช่องแอคทีฟไซต์ลึก

ซินทีเทสและ tRNA แยกส่วนเป็นการปรับปรุงในภายหลัง

หากทั้งการเติมประจุเริ่มต้นและหน้าที่อะแดปเตอร์สามารถทำได้โดยไม่ต้องมีอินไซม์เฉพาะทาง อะมิโนแอซิล-tRNA ซินทีเทสและโมเลกุล tRNA อิสระก็กลายเป็น การควบคุมคุณภาพ องค์ประกอบมากกว่าข้อกำหนดเบื้องต้น พวกมันกระชับความสอดคล้องระหว่างโคดอนและอะมิโนแอซิดและเพิ่มความแม่นยำของการแปลรหัส ดังนั้นจึงเข้าใจได้ดีที่สุดว่าเป็นการปรับปรุงที่ปรากฏขึ้นเมื่อระบบที่เชื่อมโยงกันได้จำลองตัวเองและอยู่ภายใต้การคัดเลือกแล้ว — ไม่ใช่เงื่อนไขที่ทำให้การเชื่อมโยงเป็นไปได้ตั้งแต่แรก

รีพลิเคส: อินไซม์จำเป็นตัวแรก

การเชื่อมโยงเพียงอย่างเดียวไม่เพียงพอ ไม่ว่าวัฏจักรคล้ายการแปลรหัสจะงดงามเพียงใด มันก็หายไปพร้อมกับการตายของโมเลกุลของมัน เว้นแต่ข้อมูลที่เข้ารหัสมันจะถูกคัดลอกได้ นี่คือข้อโต้แย้งชี้ขาดของสไลด์: การจำลองคือสิ่งที่เปลี่ยนการเชื่อมโยงทางเคมีครั้งเดียวให้เป็นหน้าที่ที่ถ่ายทอดและคัดเลือกได้. รีพลิเคส RNA — โดยมีการสังเคราะห์ดีโนโวของ Qβ midivariant เป็นแบบจำลองเชิงทดลองของระบบ RNA น้อยที่สุดที่ศูนย์กลางอยู่ที่รีพลิเคสดังกล่าว — ให้ความสามารถนี้พอดี เมื่อการจำลองและการเร่งปฏิกิริยาเปปไทด์เชื่อมโยงกันเชิงหน้าที่ โปรตีนเชิงเอนไซม์ตัวแรกอย่างแท้จริงก็สามารถเกิดขึ้นและคงอยู่ได้

ขีดจำกัดความแม่นยำเสริมข้อสรุปเดียวกัน เครื่องมือแปลรหัสที่สมบูรณ์ต้องการองค์ประกอบจำนวนมากที่ปฏิสัมพันธ์กันอย่างแม่นยำ ที่อัตราความผิดพลาดที่คาดไว้ของรีพลิเคสยุคแรก เครื่องมือขนาดใหญ่เช่นนั้นไม่สามารถคงอยู่ได้เมื่อเทียบกับขีดจำกัดความผิดพลาด ในขณะที่ quasi-species ของ RNA สั้น ๆ ที่คัดลอกโดยรีพลิเคสสามารถอยู่ได้ แบบแผนรีพลิเคสก่อนแบบน้อยที่สุดจึงไม่ใช่การลดทอนเพื่อความสะดวก แต่เป็นผลโดยตรงจากขีดจำกัดความแม่นยำของยุคนั้น ซินทีเทส tRNA แยกส่วน และการแปลรหัสที่สมบูรณ์ปรากฏในภายหลังเป็นการปรับปรุงที่เพิ่มความแม่นยำซ้อนทับบนแกนกลางที่ถ่ายทอดทางพันธุกรรมได้แล้ว

ประเด็นสำคัญ
รักษาลำดับเชิงสาเหตุให้ถูกต้อง: การเชื่อมโยงเชิงหน้าที่ → การจำลอง → การเร่งปฏิกิริยาที่เชื่อมโยงกันภายใต้การคัดเลือก → อินไซม์ตัวแรก ซินทีเทส tRNA แยกส่วน และเครื่องมือแปลรหัสที่สมบูรณ์เป็นการเพิ่มเติมในภายหลังที่เพิ่มความแม่นยำ ส่วนรีพลิเคสคือตัวเร่งปฏิกิริยาตัวแรกสุดที่ระบบขาดไม่ได้