3
ลำดับความอุดมสมบูรณ์และการกำหนดรหัสโคดอนแบบ GC-frame ชุดแรก
HYC-1979 Lesson 8: Acid, Amino, Acids
00:00

ในซุปพรีไบโอติก กรดอะมิโนแต่ละชนิดไม่ได้มีปริมาณเท่ากัน การสังเคราะห์แบบ Miller และผลวิเคราะห์อุกกาบาต Murchison ให้ผลสอดคล้องกันเป็นลำดับเดียวกัน คือ ไกลซีน > อะลานีน > กรดแอสปาร์ติก > วาลีนลำดับนี้ไม่ได้เป็นเพียงคำอธิบายเท่านั้น แต่ยังเป็นตรรกะการคัดเลือกแบบมีเงื่อนไขสำหรับรหัสพันธุกรรมยุคแรกสุดอีกด้วย หากยุคการเข้ารหัสยุคแรกใช้แม่แบบที่อุดมด้วย GC กรดอะมิโนที่มีปริมาณมากที่สุดควรถูกนำมาใช้ก่อน กรดอะมิโนที่มีมากที่สุดสองชนิด ได้แก่ ไกลซีนและอะลานีน ถูกกำหนดให้กับโคดอนแบบ GC-frame สองตัวแรก: 5′-GGC → Gly และ 5′-GCC → Alaการกำหนดเช่นนี้วางตำแหน่งกรดอะมิโนอันดับต้นของรายการความอุดมสมบูรณ์ไว้ที่จุดเริ่มต้นของรูปแบบ GC ที่ไม่สมมาตร สอดคล้องกับระบบการจำลองแบบที่อุดมด้วย GC

ทำไมต้องเริ่มด้วย GC สูง?

มีข้อโต้แย้งสี่ประการที่สนับสนุนการเริ่มต้นด้วยคู่ GC ได้แก่ (i) ความเสถียรของอันตรกิริยาระหว่างอะแดปเตอร์กับเมสเซนเจอร์ (ii) ความแม่นยำในการจำลองแบบ ซึ่งทั้งสองข้อสนับสนุน GC (iii) การอ่านแบบ comma-free ในการแปลรหัส ซึ่งต้องใช้รูปแบบ GC ที่ไม่สมมาตร และ (iv) ความสอดคล้องกับกรดอะมิโนพรีไบโอติกที่มีปริมาณมากที่สุด โคดอนสองตัวแรก คือ 5′-GGC และ 5′-GCC เป็นคู่สมกันเมื่อจัดเรียงแบบต้านขนาน ซึ่งตอกย้ำบทบาทสำคัญของทั้งสองตัว

Asp และ Val อยู่ในลำดับถัดไปของความอุดมสมบูรณ์ ทั้งสองจะมีความเกี่ยวข้องเมื่อรหัสขยายจากกรอบ GC ขั้นต่ำไปสู่ชุดตัวอักษรหลัก ไม่ใช่เป็นการกำหนดเริ่มต้นในกรอบ GC แบบเข้มงวด

การอนุมานแบบมีเงื่อนไข: การสร้างแบบจำลองนี้ตั้งสมมติฐานว่าความอุดมสมบูรณ์มีความสัมพันธ์กับความพร้อมใช้งานเชิงหน้าที่ในยุคแรก และแม่แบบที่อุดมด้วย GC ครองช่วงการเข้ารหัสยุคแรก ยังคงมีสมมติฐานทางเลือกอื่นที่เป็นไปได้ในเชิงตรรกะ เช่น การกำหนดโคดอนแบบสุ่ม หรือความสัมพันธ์ทางเคมีโดยตรงระหว่างโคดอนกับกรดอะมิโน ซึ่งต้องอาศัยการทดลองหรือการทดสอบทางสายวิวัฒนาการที่เป็นอิสระ

ลำดับความอุดมสมบูรณ์พรีไบโอติกจับคู่กับโคดอน GC-frame ชุดแรก ความอุดมสมบูรณ์ของกรดอะมิโนพรีไบโอติก การสังเคราะห์จำลอง + ข้อมูลอุกกาบาต Murchison 1 Gly สูงสุด 2 Ala 3 Asp 4 Val ลำดับความอุดมสมบูรณ์ โดยมากที่สุดอยู่ด้านบน ลำดับนี้ให้ตรรกะการคัดเลือกแบบมีเงื่อนไขสำหรับรหัสยุคแรกสุด การกำหนดโคดอน GC-frame ชุดแรก ยุคการเข้ารหัสแรก แม่แบบที่อุดมด้วย GC โคดอน 5′ กรดอะมิโน อันดับความอุดมสมบูรณ์ 5′-GGC Gly #1 มากที่สุด 5′-GCC Ala #2 อันดับสอง การขยายในภายหลังไปสู่ชุดตัวอักษรหลัก Asp Val 5′-GGC และ 5′-GCC เป็นคู่สมกันเมื่อจัดเรียงแบบต้านขนาน สี่ข้อโต้แย้งสำหรับการเริ่มต้นที่อุดมด้วย GC 1 อะแดปเตอร์–เมสเซนเจอร์ ความเสถียรของอันตรกิริยา 2 ความแม่นยำในการจำลองแบบ สนับสนุนคู่ GC 3 การอ่านแบบ comma-free ต้องใช้ GC ที่ไม่สมมาตร 4 ความอุดมสมบูรณ์ ความสอดคล้อง